Com tots els medicaments, els antidepressius poden tenir efectes secundaris, que depenen del mecanisme d'acció de cada fàrmac. Si la persona no tolera els efectes adversos, es pot plantejar un canvi de tractament.

La medicació no s'ha d'interrompre sense la supervisió d'un professional. Els antidepressius no es poden deixar de manera brusca perquè poden aparèixer símptomes de retirada (ansietat, diarrea, somnis vívids). Aquests efectes es poden evitar reduint lentament la dosi abans de deixar-los completament.

La durada del tractament l'ha de determinar un professional segons la condició clínica de cada persona.