Como todos los medicamentos, los antidepresivos pueden tener efectos secundarios, que dependen del mecanismo de acción de cada fármaco. Si la persona no tolera los efectos adversos, se puede plantear un cambio de tratamiento.

La medicación no se debe interrumpir sin la supervisión de un profesional. Los antidepresivos no se pueden dejar de manera brusca porque pueden aparecer síntomas de retirada (ansiedad, diarrea, sueños vívidos). Estos efectos se pueden evitar reduciendo lentamente la dosis antes de dejarlos completamente.

La duración del tratamiento debe ser determinada por un profesional según la condición clínica de cada persona.